주택 한 채와 2005년 12월31일 이전에 재개발·재건축 관리처분계획인가를 받은 한 채의 조합원 입주권을 보유한 어떤 세대가 주택을 양도하는 경우, 지금까지 조합원 입주권은 주택으로 보지 않았기 때문에 일정한 요건 즉, 3년 보유(서울, 과천 및 5대 신도시는 3년 보유 및 2년 거주)와 양도가액 6억 원 이하 요건을 갖추면 1세대 1주택 비과세를 적용받았다. 한편 1세대가 2주택을 보유 중 1주택이 2005년 12월 31일 이전에 재개발·재건축 관리처분계획인가를 받은 경우 또한 마찬가지로 나머지 1주택이 양도시 비과세요건을 충족한다면 세금을 내지 않아도 됐었다.
그러나 2006년 1월 1일 이후 관리처분계획인가를 받은 조합원 입주권(2005년말 이전에 재개발·건축사업의 관리처분계획이 인가된 입주권을 2006년 1월1일 이후 취득한 경우도 포함)은 주택수 계산에 포함된다.
첫째, 1세대가 보유한 2주택 중 한 채가 재개발·재건축 사업시행으로 조합원 입주권으로 전환되어 1주택과 1조합원 입주권을 보유하게 됐다면 1주택을 양도하는 경우 양도소득세가 과세된다.
둘째, 1세대 1주택자가 조합원 입주권을 취득한 후 기존 보유주택을 양도하는 경우로서 현행 이사 등으로 인한 일시적 1세대 2주택 비과세와 동일한 기준을 적용하여 조합원 입주권 취득 후 1년 이내에 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 기존주택을 양도하면 양도세가 비과세 된다.
셋째, 1세대 1주택자의 주택이 재개발·재건축 되어 재개발·재건축사업 시행기간 중 일시 주거용으로 취득한 대체주택을 양도하는 경우는 △사업시행 인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주하고 △재개발·재건축주택 완공 전에 또는 완공 후 1년 이내에 대체주택의 양도가 이뤄지고 △재개발·재건축주택 완공 후 1년 이내에 재개발·재건축주택으로 세대 전원이 이사하고 1년 이상 거주하는 요건을 충족하는 경우라면 양도세가 비과세된다.
마지막으로 재개발·재건축 입주권과 1주택 또는 2주택을 보유하고 있는 경우, 주택 매매시 1세대 2주택자(3주택자)와 동일하게 50%(60%) 중과세를 적용받게 된다. 단 조합원 입주권을 매매하는 경우는 중과세가 적용되지 않고 2주택자 중과는 2007년 1월1일 이후부터 적용된다. 재개발·재건축 입주권 관련 양도소득세는 계산이 복잡하고, 챙겨봐야 할 요건들이 많다. 따라서 양도할 때 세무전문가와 상담을 통해 절세방안을 강구해야 할 것이다.